Suite aux aventures de "Sonic & Knuckles", le Death Egg a finalement été détruit et la Master Emerald a été ramenée à Angel Island. Cette humiliante défaite n'aura fait qu'enrager Dr. Eggman, déterminé à se débarrasser de Sonic une fois pour toutes. Dr. Eggman ressort et améliore ses meilleurs créations afin de battre le hérisson bleu. Mais sa machination cache-t-elle quelque chose d'autre ?

Et c'est ainsi qu'une nouvelle aventure commence...